A utilização de variedades de cana-de-açúcar apropriadas como a Java, Paulista e Preta, além de fermento orgânico natural, usando o substrato do fubá de milho, e a higiene nos alambiques, são fatores que fazem a diferença na qualidade da cachaça. A empresa já deu início aos trabalhos de uma agricultura biodinâmica, especialmente em agricultura orgânica.
A matéria-prima, cana-de-açúcar, não recebe adubos químicos, nem inseticidas, o que dá à Cachaça da Várzea, o referencial de ser um produto totalmente orgânico. A criação de minhocas como alternativa para a produção de matéria orgânica de qualidade, é implementada na Agropecuária Auto Flores. O vinhodo, que sobra no processo, é utilizado na adubação, o que melhora a qualidade na lavoura e diminui o impacto ambiental. O bagaço, outro subproduto da cana, é utilizado como combustível para a fornalha, e como alimento para bovinos.